日本公司注冊時有經驗的行政書士都會提前告知，如果注冊資本低于1000萬日元可以免2年的消費稅（現行日本消費稅稅率是百分之十）如果第一年公司銷售額不超過1000萬日元，那么第三年的消費稅也是可以免除的。
在日本公司注冊時公司章程制定的事業年度決算時間也是非常考究的，日語稱作年終決算（相當于中國的年審，但是和中國年審不同的是中國是統一1月開始統一12月結束，而日本公司的年終決算時間是公司注冊時由自己決定的）而此時的決算時間最好選擇在注冊時的前一個月份，而千萬不需要事業年度時間必須開始為1月。舉個例子，日本公司注冊時間為9月份，公司的年終決算可以最晚選擇在8月，而不是必須選擇為1月，這樣也是可以為公司的決算次數從第一次開始降低了頻率，為日本公司的成本支出減輕了小小的負擔。
日本的稅種：
1、法人稅：也叫公司所得稅或者公司稅，每一年略有調整。而且注冊資本金是否高于一億日元公司所承擔的法人稅稅率也不同。
2、消費稅：現行日本消費稅是10%。
實付消費稅=營業額的消費稅-課稅采購的消費稅-課稅經費的消費稅；
新成立公司注冊資本金低于1千萬日元擁有2年免除消費稅資格；
并且第一年銷售額不超過1千萬日元第三年也擁有免除消費稅資格。
3、源泉所得稅
征稅所得包括利息所得、分紅所得、不動產所得、薪金所得、退職所得、事業所得、轉讓所得、山林所得、臨時所得、雜項所得等。對居住者，以上述全部所得為征稅對象，對非居住者，只就來源于日本的上述所得為征稅對象。
4、登陸免許稅
顧名思義，登錄免許稅就是「登錄＆免許」的稅金，也就是進行「名義轉移登記以及商標、專利、國考資格登錄」以及「各項事業的執業許可」的時候，大約包括50多項跨越各式各樣不同種類與不同行業的一種稅金。
5、法人住民稅（注意：即使公司虧損也要繳納法人居民稅以及法人縣民稅，日語叫做均等割）
注冊資本金1千萬日元以下公司是7萬日元/年；
注冊資本金1千萬日元以上公司是18萬日元/年。
6、法人事業稅
所得利潤400萬日元以下：稅率5.5%左右；
所得利潤400萬-800萬之間：稅率7.9%左右；
所得利潤800萬日元日上：稅率10.3%左右。
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